自己流の退魔・除霊で日銭を稼ぎながらの学業をこなす――そんな学生生活を送っていた主人公の元に突然やってきた黒服の男たち。彼らによって強引に田舎に引き戻された主人公は、実の兄の様に慕っていた神社の宮司――本家の一人息子が亡くなったことを聞かされる。
驚く間もなく「社を守る宮司となって巫女達と【ある厄介事】を引き受けろ。お前にはその素質がある」と本家の爺さんに説得される主人公。突然の申し出に戸惑う主人公だったが、紹介された巫女達の可愛さについ引き受けてしまうことに。
――引き受けたはいいが、直後に巫女達の自己紹介を受けて驚愕！　この可愛い巫女達が男の娘であるという事実を知り一気に絶望するのだった。そして、ノンケの主人公はつい巫女達に思わずそっけなくしてしまう。
奇妙な状況に悩む主人公。しかし、一度引き受けてしまった以上、どうしようもない。さらに、前宮司の死の原因が封印を破って復活した魔物の仕業と知った彼は、再び魔物を封印し自由の身になるために、男巫女たちと身も心もつながっていくのだった。