主人公・眞琴は、夏休みに従兄である稔の元に世話になる事になった。そんな中、ある日稔がまにょっこであることを知ってしまう。稔を通して恭とも知り合い楽しい日々が始まると思った矢先、稔が突然家に帰ってこなくなってしまう。稔を探すため、眞琴は恭と共に神田道場の夏輝を訪ねることに。そこで出会ったのは、恭に憧れ、夏輝に張り合っている少年・千里。眞琴は彼と友人となる。
一方、恭は稔を見つけたが、何と稔は魔法少女姿に変身して襲いかかってきた。友人相手では上手く戦うことが出来ず、変身が維持できないほど魔力を搾り取られてしまう恭。変身出来なくなった彼に、千里は告げる。
「おれが代わりに戦いますよ! その……恭さんのために」
眞琴は千里の戦う意志に驚く。自分にもあんな勇気があれば…。そんな時、ふと誰かの呼ぶ声を耳にする。たどり着いた先にいたのはぷっくり太った喋るカエル、稔の使い魔であるカエロッタだった。稔との契約を○○やり解消されてしまったと話すカエロッタは眞琴を見定め告げる。
「キミ、ケロと契約してみないケロ?」
そして眞琴達を怪しく見つめる黒い影…。
波乱に満ちた、新たなまにょっこの物語が幕を開けようとしていた。