小さな田舎町で牧師として生活をしていた主人公「麻宮」のもとに届けられた差出人不明の一通の手紙。その手紙に記された「ただ愛情を彼女たちに注いでやってください。」の言葉を頼りに人里はなれた場所にひっそりとたたずむ「施設」にやってくる。
木々に彩られ、時間がゆっくり流れるその場所には、「要らなくなった」少女達、「明るく元気だが、短気でわがままなアヤナ」、「優しく、いつも何かと自信なさげなコハル」、「他人との交流の方法を知らない無口なスイ」が、定期的に生活物資などを持ってくる「どこか上品な制服の少女ツバキ」のほかには誰に助けを求めることもなく暮らしていた。
少女達は、何か重要な理由があってここに住んでいるようだが、本人達は何も知らず、知ろうともせずに、ここで生きている。不自由なく暮らしてはいるが、本来の人間らしい生活(他人と接することなど)や知識を教える為に主人公は少女達を幸せにしてあげたいと思う慈愛の心からここでの生活を始めることになる。
少女達との生活を送っている麻宮は、少女達との交流を深めるため丘の上にそびえる大木のもとに青空教室をつくることになる。
次第にココロを開いていく少女たち。そして時間が過ぎ、その施設の関係者と思われるマオと傍らに連れた○い三つ子が施設にやってきて共に生活をはじめることになる。
いきなり大所帯になった施設内で、少女たちは麻宮たちが訪れるそれまでとは違った環境で生活を続けることにより、より一層変化していくことになる。
そして、その変化は少女たちにとどまらず、主人公麻宮のなかでも失われた記憶と共に変化していくことになる。
アヤナの求めているものは?
コハルの深層にあるものは?
スイの中にあるココロとは?
すべては麻宮によって、また少女たちと共に引き出されていく。
その答えは、主人公と少女たちのみ知ることに。