グランデ=ヤクモ1000年目の節目となる今年、スイト32年は大災の予言の年。
大きな地殻変動によって異様な巨大建造物『遺跡』が突然隆起した。
調査は難航を極めたが、ついに調査隊は『最初の部屋』に到達。
その部屋で、主人公の「暁」はコールドスリープ状態で発見された。
生きているがどうやって目を覚まさせればいいかわからない。
崩壊前の時代について何かヒントを得られるのでは?
という状態で、調査隊はじりじりしていた。
ある日、運び込まれた研究機関のある学園に通う仲良し3人グループの「ヒマリ」「フィオラ」「ルカ」は、こっそり忍び込んで主人公の様子を見に来ていた。
そんな折に、大きな地殻変動。
主人公を押さえようとしたお姫様のヒマリが、はずみでキスしてしまう。
その瞬間、目を覚ます主人公。ここは? 俺は一体?
眠り姫……いや、眠り王子様といった感じの特異体質の主人公。
突発的に発症する眠りから目覚めさせるには誰かにキスをしてもらわないといけない。
遺跡調査には主人公が不可欠なため、彼女たちにキスしてもらって対応してもらうことに。
この時代に生きる彼女達と過去からやってきた主人公とで、遺跡の謎を解明し、
世界の危機に立ち向かい、無事に平和を守ることが出来るのか!?
1000年紀の物語が今、幕を開く。
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